จากการที่สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ได้เสด็จมาทรงเยี่ยมราษฎรในบริเวณพื้นที่บ้านบางมะนาว หมู่ที่ 1 ตำบลกะลุวอเหนือ อำเภอเมือง จังหวัดนราธิวาส ทรงมีพระราชดำริให้มีการปรับปรุงด้านต่างๆ ทั้งทางเศรษฐกิจ การศึกษา วัฒนธรรมและส่งเสริมการท่องเที่ยว ซึ่งต่อมาสำนักงานป่าไม้เขตปัตตานีได้สนองพระราชดำริดังกล่าว โดยทำการสำรวจพื้นที่บริเวณป่าสงวนแห่งชาติพิเศษป่าเขาตันหยง ในพื้นที่นอกเขตพระราชฐานพระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ เพื่อจัดตั้งเป็นวนอุทยาน มีเนื้อที่ประมาณ 720 ไร่ และตั้งชื่อว่า “วนอุทยานอ่าวมะนาว” โดยกรมป่าไม้ได้ขึ้นทะเบียนเมื่อวันที่ 21 เมษายน 2536 ต่อมาอธิบดีกรมป่าไม้ (ดร.ปลอดประสพ สุรัสวดี) ได้ไปตรวจราชการที่จังหวัดนราธิวาส ได้ให้นโยบายเกี่ยวกับวนอุทยานอ่าวมะนาวว่า ควรดำเนินการจัดตั้งวนอุทยานอ่าวมะนาวให้เป็นอุทยานแห่งชาติทางทะเล เพราะมีพื้นที่โดยรวมประกอบด้วย ทรัพยากรธรรมชาติที่สมบูรณ์ มีหาดทรายขาวสลับด้วยโขดหินที่สวยงามตา ประกอบกับวนอุทยานอ่าวมะนาวมีอาณาเขตพื้นที่ติดต่อกับพระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ ซึ่งทุกๆ ปีประมาณช่วงเดือนกันยายนถึงเดือนตุลาคมจะมีการเสด็จแปรพระราชฐานเพื่อทรงงานตามพระราชดำริในท้องที่ภาคใต้ จำเป็นต้องมีสถานที่เพื่อเป็นศูนย์ปฏิบัติการของกรมป่าไม้ เพื่อถวายรายงานเกี่ยวกับกิจการด้านการป่าไม้ด้วย ซึ่งส่วนอุทยานแห่งชาติทางทะเลได้สนองนโยบายตามที่อธิบดีมอบหมายดังกล่าว โดยสั่งเจ้าหน้าที่ออกมาทำการสำรวจพื้นที่บริเวณอ่าวมะนาวและบริเวณใกล้เคียงในพื้นที่อำเภอบาเจาะ อำเภอเมือง อำเภอสุไหงปาดี จังหวัดนราธิวาส เพื่อกำหนดเป็นอุทยานแห่งชาติ จากผลการสำรวจพบว่าบริเวณพื้นที่อ่าวมะนาวและบริเวณใกล้เคียงมีสภาพธรรมชาติที่สมบูรณ์ เหมาะสมในการจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติทางทะเล ต่อมากรมป่าไม้ได้มีหนังสือแจ้งให้สำนักงานป่าไม้เขตปัตตานีส่งมอบวนอุทยานอ่าวมะนาวแก่ส่วนอุทยานแห่งชาติทางทะเลดำเนินการสำรวจเพิ่มเติมเพื่อเตรียมจัดตั้งเป็นอุทยานแห่งชาติต่อไป และอธิบดีกรมป่าไม้ (ดร.ปลอดประสพ สุรัสวดี) ได้ตั้งชื่อให้ใหม่เพื่อเป็นเกียรติว่า “อุทยานแห่งชาติอ่าวมะนาว – เขาตันหยง”
พันธุ์ไม้และสัตว์ป่า
ทรัพยากรธรรมชาติ
เนื่องจากพื้นที่อุทยานแห่งชาติอ่าวมะนาว – เขาตันหยง ประกอบด้วยพื้นที่ 3 ส่วน คือ บริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาติ ซึ่งมีลักษณะพื้นที่เป็นหาดทรายติดกับชายทะเลและเนินเขาสูง บริเวณป่าสงวน 20% ของนิคมสหกรณ์บาเจาะ ซึ่งมีสภาพพื้นที่เป็นป่าพรุมีน้ำท่วมขังในช่วงฤดูฝนและแห้งแล้ง ในช่วงฤดูแล้งและบริเวณป่าพรุใกล้คลองปิเหล็ง สภาพพื้นที่ก็เป็นป่าพรุแต่มีน้ำท่วมขังตลอดทั้งปี
จากลักษณะดังกล่าว ทำให้พืชพรรณธรรมชาติและสัตว์ป่าของทั้ง 3 แห่ง มีความแตกต่างกัน ซึ่งพอจำแนกได้ดังนี้ บริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาติ ตั้งแต่บริเวณชายหาดถึงที่ลาดชันเล็กน้อยจะพบพันธุ์ไม้ประเภทป่าชายหาด ซึ่งลักษณะเป็นป่าโปร่ง ลำต้นคดงอ เนื่องจากแรงลมหรือบริเวณที่ขึ้นอยู่ เช่น ขึ้นแทรกระหว่างก้อนหินพันธุ์ไม้ที่สำคัญ ได้แก่ รักทะเล ยอป่า พะวา หูกวาง เลือดม้า มะนาวผี กระเบาลิง จิก พลับพลา มะพลับ มะกอก พลอง สารภีทะเล หยีน้ำ ชะเมา ตีนเป็ดทะเล ปอทะเล ฯลฯ ส่วนบริเวณที่สูงขึ้นไปจะพบพันธุ์ไม้ประเภทป่าดิบแล้ง พันธุ์ไม้ที่สำคัญ ได้แก่ แอ๊ก ทังใบใหญ่ กันเกรา เตยทะเล ไทร มะคะ ตีนนก กระทุ่มบก เป็นต้น สำหรับพันธุ์ไม้ในบริเวณที่ทำการอุทยานแห่งชาตินี้ ดร. เชาวลิตร นิยมธรรม ได้สำรวจพบ ต้นมะนาวผี (Atalantia monophylla) ที่มีขนาดใหญ่และสวยงามมากเท่าที่เคยพบเห็นมา
โดยที่อุทยานแห่งชาติอ่าวมะนาว – เขาตันหยง เป็นอุทยานแห่งชาติที่ตั้งอยู่ในเขตป่าสงวนพิเศษป่าเขาตันหยง มีสภาพธรรมชาติทีอุดมสมบูรณ์ และอุทยานแห่งชาติมีอาณาเขตติดต่อกับแนวเขตพระราชฐานพระตำหนักทักษิณราชนิเวศน์ สัตว์ป่าที่อาศัยในบริเวณนี้จะเคลื่อนย้ายไปมาระหว่างเขตอุทยานแห่งชาติกับเขตพระราชฐานเพื่อหาอาหารและน้ำ สัตว์ที่สำรวจพบได้แก่ กระรอก กระแต พญากระรอก ชะมด ลิ่น เม่น ลิง ค่าง อีเก้ง งูเหลือม งูเห่า งูกะปะ ไก่ป่า เหยี่ยวแดง นกขมิ้น นอกจากนี้จะพบเป็นสัตว์เลี้ยงลูกด้วยนมประเภทสัตว์กีบ เช่น กวางป่า เก้ง กระจง ซึ่งเป็นสัตว์ป่าที่สมเด็จพระนางเจ้าพระบรมราชินีนาถ ได้ทรงปล่อยไว้เพื่อสร้างระบบนิเวศในพิ้นที่ป่าสงวนแห่งชาติพิเศษป่าเขาตันหยง เป็นจำนวนมากอีกด้วย บริเวณพื้นที่ป่าสงวน 20% ของนิคมสหกรณ์บาเจาะ มีสภาพเป็นป่าพรุมีน้ำท่วมขังในช่วงฤดูฝนและแล้งในช่วงฤดูแล้งพันธุ์ไม้ที่พบเห็นบริเวณนี้ จำแนกได้ 2 ส่วน คือ
1.ส่วนที่เป็นป่าพรุค่อนข้างสมบูรณ์ มีไม้ขนาดใหญ่ขึ้นปกคลุมหนาแน่น พันธุ์ไม้ที่สำคัญได้แก่ กระบุย ตีนเป็ดพรุ ช้างไห้ กระดุมผี อ้ายบ่าว กะทัง ทองบึ้ง หว้า เสม็ดแดง ชะเมา สาคู หลาวชะโอน สะเตียว หมากเขียว หมากแดง และ
2.บริเวณที่เป็นป่าเสม็ดซึ่งมีไม้เสม็ดขาวชนิดเดียวเป็นพื้นที่ผืนใหญ่ เนื้อที่ประมาณ 80% ของเนื้อที่ทั้งหมด เท่าที่พบเห็นและสอบถามชาวบ้านในท้องที่ พบว่าเป็นแหล่งทีอยู่ของสัตว์ป่าหลายชนิด ได้แก่ หมูป่า ชะมด ลิงกัง เสือปลา กระรอก กระแต อีเห็น เต่า ตะพาบน้ำ ตะกวด กบ เขียด ปลาดุก ปลาหมอ ปลาช่อน ปลาลำพัน นกเอี้ยง นกขุนทอง นกกระปูด นกกางเขนดง นกกางเขนบ้าน งูเห่า งูจงอาง งูเขียว เป็นต้น บริเวณป่าพรุใกล้คลองปิเหล็ง มีสภาพเป็นป่าพรุที่มีน้ำท่วมขังเกือบตลอดปี เป็นป่าพรุที่มีความหนาแน่นพอสมควร พันธุ์ไม้ส่วนสำคัญได้แก่ ไม้เสม็ดขาว และจากการสอบถามชาวบ้านท้องที่ สัตว์ที่พบได้แก่ เต่า ปลาดุก ปลาช่อน ปลาหมอ ปลาลำพัน ลิง ลิ่น นาก ตะกวด อีเห็น เป็นต้น
